Setelah lulus SMA, Yugi Muto mungkin pikir masa pertarungannya sudah selesai. Tapi tidak untuk Seto Kaiba — dia masih ngotot pengen duel terakhir melawan roh Atem, sampai-sampai dia bangun Millennium Puzzle dari kuburan. Masalahnya, ada siswa baru misterius bernama Aigami alias Diva yang malah pengen ngancurin puzzle dan ambil kekuatannya untuk membentuk ulang realitas. Semuanya berbuntut duel lintas dimensi yang bikin Yugi harus ngadepin masa lalu sekaligus masa depannya. Siapa sangka pengorbanan bisa jadi kunci yang mengubah segalanya — atau menghancurkan dunia.