Duel Monsters mau dimusnahkan sebelum lahir. Dari masa depan datang Paradox, penjahat yang kembali ke masa lalu untuk bunuh Maximillion Pegasus — pencipta kartu-kartu legendaris itu. Nasib tiga era bertumpuk jadi satu. Yugi Muto dari generasi pertama, Judai Yuki dari generasi kedua, dan Yusei Fudo dari generasi ketiga terpaksa bertarung bersama di luar waktu mereka masing-masing. Monster Malefic Paradox lebih ganas dari duel biasa, satu serangan bisa hapus sejarah. Tiga pendekar kartu ini saling nggak kenal, tapi kalau gagal sinkron, garis waktu mereka semua lenyap. Duel tiga lawan satu yang taruhannya bukan sekadar kemenangan, melainkan eksistensi Duel Monsters itu sendiri.