Dunia di ambang perang terbuka antara penyihir dan ilmuwan. Touma Kamijou lagi-lagi jadi pusaran — kali ini melawan God's Right Seat, organisasi sihir ekstrem yang nggak segan bikin ulah. Faksi sains dengan Academy City-nya pun ikut angkat senjata. Touma terjebak di antara dua kekuatan raksasa, dan pertempuran kecil yang dulu cuma soal menyelamatkan satu-dua orang, sekarang taruhannya hancur-leburnya peradaban. Siapa sangka tangan kanan penghapus sihirnya bisa jadi penentu siapa yang menang — atau malah alasan kenapa semuanya hancur.