Dua puluh ribu kloning Mikoto Misaka berbaris untuk mati. Itu fakta yang mengejutkannya saat ia menyusup ke laboratorium bawah tanah Academy City. Ilmuwan sinting bernaung di balik proyek Level 6 Shift, rencana brutal untuk menciptakan psychic terkuat lewat pembantaian massal para kloning dirinya. Mikoto sadar pengorbanan ini harus ia hentikan sendirian—karena para pengawas sengaja tutup mata. Setiap mayat yang ditemukan adalah wajahnya sendiri.