Enam bulan setelah gagal mengubah masa lalu, Okabe Rintaro memilih diam di garis waktu di mana Makise Kurisu tewas. Ia sudah nggak mau jadi ilmuwan gila lagi. Tapi Suzuha Amane, putri Daru dari masa depan, balik ke masa kini dan minta tolong cegah Perang Dunia Ketiga. Trauma dengan kegagalan sebelumnya, Okabe terus menolak. Sampai suatu hari, dia ikut seminar Profesor Alexis Leskinen dan kaget ketemu Kiryu Moeka di sana. Di seminar itu, Alexis dan Maho memperkenalkan Amadeus—AI yang dibuat Kurisu sebelum mati. Kehadiran Amadeus mengguncang Okabe, dan pertanyaannya: bisakah ia melangkah maju dengan bayangan Kurisu yang masih hidup di dalam mesin?