Tanggal 14 Mei, Meiji 11 — Toshimichi Okubo, salah satu tokoh Restorasi, ditemukan tewas. Di balik pembunuhan itu, Makoto Shishio diam-diam menyusun rencana menggulingkan pemerintah Meiji. Kenshin pun meninggalkan Kaoru sendirian, berangkat untuk menghentikan penerus gelar Hitokiri Battosai yang dulu pernah ia sandang. Berpisah dari teman-temannya, Kenshin bertemu wajah baru dan berhadapan langsung dengan kelompok Shishio. Di satu sisi takdir masa lalunya, di sisi lain sumpahnya untuk tidak membunuh — musim kedua ini membuka lagi pertarungan antara kode samurai dan harga yang harus dibayar. Mana yang akan Kenshin pilih ketika musuh tak memberi pilihan untuk mundur?