Lubang dimensi menganga di atas Kota Alamos. Pertempuran Dialga dan Palkia — dua Pokémon legendaris yang kuasai waktu dan ruang — bikin realitas mulai robek. Penduduk panik. Rumah-rumah hancur. Lalu muncullah Darkrai. Awalnya semua curiga dialah biang kerok. Tapi diam-diam Darkrai malah jadi satu-satunya yang berdiri di antara kota dan kehancuran total. Satoshi dan kawan-kawan harus cari cara menghentikan pertempuran itu sebelum Kota Alamos lenyap dari dimensi. Masalahnya, Darkrai ngotot melindungi kota sendirian — dan kekuatannya mulai habis.