Seorang Pokémon Ranger bernama Jack Walker tiba-tiba minta bantuan Ash dan kawan-kawan. Misi mereka sederhana di atas kertas: lindungi telur Manaphy dari bajak laut Phantom yang udah ngintai dari jauh. Tapi begitu perjalanan dimulai, semuanya jadi rumit. Phantom ternyata bukan pencuri biasa — dia punya kapal selam canggih dan anak buah yang siap tempur. Sementara itu, telur Manaphy mulai menampakkan tanda-tanda aneh, seolah merespons sesuatu di kedalaman laut. Ash harus memutuskan: percaya sama naluri Pokémon langka ini atau ikuti rencana Walker yang penuh rahasia. Dan di dasar Samiya, sesuatu menunggu yang bisa mengubah segalanya.