Bayangkan kota yang semua sistemnya dikendalikan satu komputer raksasa — Larousse namanya. Ash dan Pikachu baru sampai ketika tiba-tiba langit gelap dan makhluk kristal jatuh dari angkasa. Itu Deoxys, tapi kedatangannya langsung disambut amukan Rayquaza, naga langit yang menganggapnya ancaman. Di tengah kekacauan, mereka bertemu Tory, anak yang trauma berat sama Pokémon gara-gara insiden masa lalu. Ash harus meyakinkan Tory untuk percaya lagi, sementara Deoxys terus diserang dan kota perlahan lumpuh. Yang bikin rumit: ternyata Deoxys bukan datang buat perang, tapi ada yang lebih penting yang dicarinya.