Kota air yang disebut Alto Mare, tempat kanal dan gondola jadi jalan utama. Ash dan teman-temannya datang sebagai turis, tapi langsung terseret urusan besar — dua Pokémon legendaris, Latios dan Latias, jadi incaran kakak-beradik pencuri. Latias diam-diam mengikuti Ash, bahkan menyamar jadi manusia, sementara kakaknya menjaga kota dari bayang-bayang. Tapi pencuri itu bukan main-main: mereka punya mesin yang bisa mengekstrak kekuatan Pokémon penjaga, dan kalau berhasil, seluruh Alto Mare bisa tenggelam. Pertarungan di udara, di atas air, dan di lorong-lorong rahasia. Pertanyaannya: sejauh mana Ash rela pergi demi melindungi kota yang baru dikenal?