Pengejaran buronan malah bikin Naruto terlempar dua puluh tahun ke masa lalu. Sampai di reruntuhan kota Roran, dia harus menghadapi Mukade — ninja misterius yang pake kekuatan Ryūmyaku buat kuasai seluruh wilayah. Di tengah kekacauan itu, Naruto ketemu Minato Namikaze, Hokage Keempat yang masih muda dan belum jadi ayah. Mereka kerja sama, tapi berat karena Naruto harus sembunyiin jati diri. Satu pertanyaan masih mengambang: apa yang bakal terjadi kalau masa lalu berubah gara-gara kehadiran Naruto?