Dua bersaudara, Cate dan Kentaro, menemukan petunjuk aneh di apartemen ayah mereka yang sudah lama hilang. Petunjuk itu mengarah ke organisasi rahasia bernama Monarch, yang ternyata sudah puluhan tahun memonitor keberadaan monster raksasa — termasuk Godzilla. Mereka bukan satu-satunya yang mencari jawaban; seorang agen misterius bernama Lee Shaw, yang dimainkan oleh Christopher Heyerdahl, juga mengejar jejak yang sama. Semakin dalam mereka menggali, semakin jelas bahwa pertempuran Titan di San Francisco bukan kebetulan, dan keluarga mereka punya peran yang lebih besar dari yang mereka kira. Siapa sangka rahasia yang dikubur ayah mereka justru yang akan menentukan siapa yang selamat dari ancaman berikutnya.