Tahun 1937, malam Perang Dunia II. Ada organisasi pelatihan mata-mata rahasia bernama D Agency, didirikan Letnan Kolonel Yuuki dari Tentara Kekaisaran Jepang. Visinya merekrut orang luar — bukan lulusan akademi militer — lalu melatih mereka jadi agen manipulasi ulung. Salah satunya, Jirou Gamou, dapat misi mengerikan: mengungkap dokumen rahasia 'Black Notes.' Tapi jalan terjal, karena ia harus berhadapan dengan musuh dari luar dan pengkhianat dari dalam tubuh D Agency sendiri.