Sepuluh tahun setelah era Endou, sepak bola Jepang mati. Bukan karena krisis pemain, tapi karena organisasi Fifth Sector — mereka ngatur siapa yang menang, berapa skornya, bahkan kapan harus kalah. Semua dikontrol oleh Kaisar Suci Ishido Shuuji, tanpa ada ruang untuk kejutan atau kenikmatan main bola. Masuklah Matsukaze Tenma, bocah baru di Raimon yang semangatnya setinggi langit dan langsung sadar ada yang salah dengan sekolahnya sendiri. Bareng tim dan grup rahasia bernama Resistance, Tenma nekat melawan Fifth Sector, main bola dengan cara mereka: liar, bebas, dan penuh mimpi. Tapi masalahnya, melawan sistem berarti mereka lawan lawan yang skill-nya diatur papan atas, dan setiap kemenangan kecil selalu dikejar bayang-bayang hukuman dari Ishido. Siapa sangka, pemberontakan ini bisa ngungkit rahasia gelap Fifth Sector yang nyangkut ke masa lalu.