Grisaia no Kajitsu (The Fruit of Grisaia) mengikuti Yuuji Kazami, seorang pembunuh bayaran pemerintah yang mencoba menjalani kehidupan normal. Ia pindah ke Akademi Mihama, sekolah berasrama terpencil yang ternyata menampung lima siswi dengan masa lalu traumatis. Kehadiran Yuuji perlahan mengubah hidup mereka.