Agen FBI Olivia Dunham dapat telepon tengah malam. Mayat pria di lab bawah tanah, tapi tembus pandang. Kasus ini bukan kejahatan biasa — terlalu aneh bahkan untuk FBI. Atasannya terpaksa rekrut Dr. Walter Bishop, ilmuwan gila yang sudah 17 tahun di rumah sakit jiwa. Walter cuma mau bantu kalau anaknya, Peter, ikut serta. Tiga orang ini mulai bongkar satu per satu kasus aneh: orang yang tiba-tiba meleleh, virus yang bikin manusia jadi transparan, mesin yang bisa baca pikiran. Semakin dalam mereka selidiki, semakin jelas bahwa semua fenomena ini bukan acak — ada pola, ada pola pikir di baliknya, dan Walter ternyata tahu lebih banyak dari yang ia akui. Pertanyaannya: apa yang sebenarnya terjadi di laboratorium Walter dua puluh tahun lalu?