Bunga sakura mekar di tengah malam. Tanda Holy Grail War kembali mengguncang Kota Fuyuki, dan Emiya Shirou lagi-lagi terseret dalam pertarungan mematikan itu — bedanya, kali ini dia tidak sendirian. Sakura Matou, sahabat yang diam-diam dia sayangi, menyimpan rahasia kelam di balik senyum lembutnya. Di saat yang sama, bayangan misterius mulai memburu para peserta satu per satu dengan cara yang brutal, meninggalkan jejak tanpa jejak. Shirou harus memilih: berlindung pada kenyamanan biasa atau menghadapi kenyataan bahwa perang ini tidak seperti yang dia kira. Pertarungan yang tersisa bukan Cawan Suci, tapi takdir Sakura yang menggantung.