Musim salju di tahun tertentu, dan seorang anak lelaki bernama Shirou Emiya tinggal sendirian bersama adik angkatnya, Miyu. Mereka menjalani hidup tenang di kota kecil, tapi dunia sihir mengintai dari balik keseharian yang tampak biasa. Miyu sebenarnya bukan manusia biasa — ia datang dari dunia lain, dan artefak sihir yang dibawanya menjadi incaran kekuatan gelap yang siap merenggutnya untuk kepentingan Perang Holy Grail. Shirou yang awalnya tak peduli pada kesaktian akhirnya dipaksa memilih: diam melihat adiknya dikorbankan, atau bangkit melawan takdir yang kejam. Ia memutuskan menjadi pahlawan, meski itu berarti tangannya sendiri akan berlumur dosa. Pertarungan dimulai bukan demi dunia, tapi demi satu orang yang paling ia sayangi.