Seluruh umat manusia berubah jadi batu. Bukan mimpi — benar-benar terjadi, dalam sekejap. Ribuan tahun kemudian, Senku Ishigami bangun dengan satu misi: membangun kembali peradaban pakai sains dari nol. Musim ketiga ini melanjutkan langsung setelah peristiwa Dr. STONE: Ryusui. Tim Kingdom of Science mulai meninggalkan pulau, melangkah ke lautan lepas. Kapal yang mereka buat bukan cuma alat transportasi — ini awal dari ekspedisi mencari asal-usul petrifikasi. Tapi lautan menyimpan rahasia yang bahkan Senku belum siap hadapi. Pertanyaan satu: apa yang menunggu di balik cakrawala?