Gelombang kedua serangan Infected datang, dan kali ini bukan cuma Digimon yang jadi sasaran. Taichi dan teman-teman harus kembali bertarung, tapi ada yang beda—mereka nggak bisa selalu bareng-bareng seperti dulu. Satu per satu rahasia kelam mulai terkuak, termasuk soal asal muasal Infected dan keterlibatan organisasi misterius. Sementara itu, hubungan antara manusia dan Digimon diuji lebih keras dari sebelumnya. Apakah persahabatan mereka cukup kuat untuk bertahan dari ancaman yang justru datang dari dalam?