Siapa sangka tiga tahun setelah petualangan Taichi dan kawan-kawan, dunia digital kembali terancam. Kali ini giliran generasi baru yang turun tangan: Daisuke, Miyako, Iori, ditambah T.K. dan Kari. Mereka punya Digivice baru dan teknik Armor Digivolution untuk melawan Digimon Kaiser—alias Ken Ichijouji—yang menguasai dunia digital lewat Dark Towers. Tapi Ken bukan sekadar penjahat biasa, ada luka masa lalu di balik topengnya. Bisakah anak-anak ini menghentikannya sebelum dunia digital hancur total?