Ledakan di atas kapal perang Aegis. Itu bukan latihan perang. Conan dipanggil langsung oleh Menteri Pertahanan karena kasus pembunuhan pertama di kapal paling canggih Jepang itu ternyata bukan kriminal biasa. Ada penyusup, X, yang sudah bersembunyi lama di dalam kru dan mengincar data pertahanan rahasia. Conan harus bergerak cepat di ruang terbatas penuh prajurit dan aturan militer. Di sisi lain, Ran dan Heiji secara tidak sengaja ikut naik kapal yang sama — dan X tidak segan menjadikan mereka sasaran. Laut lepas, tak ada jalan keluar, dan waktu terus mendekati titik ledakan berikutnya. Siapa yang bisa dipercaya kalau seluruh kapal jadi tempat persembunyian mata-mata?