Ledakan mengguncang stasiun kereta bawah tanah Tokyo, dan Conan langsung mencium ada yang nggak beres. Peluru pertama dari teror pengeboman berantai, dan jejaknya mengarah ke desa Kitanosawa yang terisolasi di balik bendungan raksasa. Gubernur Tokyo jadi target berikutnya, tapi Conan curiga motif pelaku lebih dalam dari sekadar politik. Bersama Ran dan teman-temannya, dia menyusuri desa itu, menemukan dendam lama yang terkubur di bawah proyek pembangunan. Waktu terus berjalan, dan Conan sadar ledakan-ledakan itu bukan akhir — itu awal dari satu bencana yang bisa menghapus seluruh desa dari peta.