Sebuah suling di setiap lokasi bom. Itu satu-satunya petunjuk setelah ledakan bertubi-tubi mengguncang akademi musik ternama. Conan bersama Reiko Akiba, penyanyi sopran dengan pendengaran absolut, justru terperangkap di waduk yang perlahan terisi air. Di luar, konser masih berlangsung dan teman-temannya jadi sasaran berikutnya. Pelaku main-main dengan nada, dan Conan harus membaca partitur kematian sebelum semua orang jadi korban.