Bendera bajak laut berkibar di dasar laut Pulau Koumi. Conan dan teman-teman sekelasnya datang untuk liburan musim panas, tapi yang mereka temukan bukan pantai biasa—legenda lokal bilang ada harta karun bajak laut beneran di kedalaman karang. Teka-tekinya tersembunyi di simbol Jolly Roger, dan siapa yang bisa memecahkannya duluan bisa bawa pulang segalanya. Tapi mereka nggak sendirian. Sekelompok pemburu harta karun yang nggak main-main ikut mengejar barang yang sama, dan mereka lebih siap pakai kekerasan waktu digertak. Yang bikin genting, Ran ketarik ke tengah permainan berbahaya itu, kena jebak di tempat yang nggak bisa dijangkau siapa-siapa. Conan sadar waktu bukan sekutu—kalau dia gagal baca petunjuk di tengah arus deras, Ran bisa tenggelam bareng rahasia laut selamanya.