Ada kapal pesiar mewah bernama Aphrodite yang jadi lokasi pembunuhan berantai. Conan dan teman-temannya ikut naik, nggak nyangka bakal terjebak teror di tengah laut. Pelaku ternyata punya hubungan sama insiden kapal kargo Yatsushiro yang tenggelam 15 tahun lalu — dendam yang udah dipendam lama. Satu per satu penumpang jadi sasaran, mulai dari pembunuhan sampai penculikan. Kapal juga mulai bocor, bom berdetak, dan waktunya makin sempit. Conan harus gerak cepat sebelum semua orang ikut karam bareng kapal itu. Tapi yang bikin gelisah: kenapa pelaku pilih panggung ini?