Sebuah geng pencuri kuno namanya Genjibotaru. Di Kyoto, anggota-anggotanya tumbuh satu per satu—dibunuh dengan rapi. Conan kebetulan sedang liburan ke sana bersama Ran dan yang lain. Tapi ini bukan liburan biasa. Heiji juga ikut, malah Kazuha jadi sasaran empuk pelaku. Polisi lokal bingung, jejak pelaku selalu nyambung ke petilasan sejarah kota. Conan dan Heiji sadar ini bukan pembunuhan biasa—ada dendam dari masa lalu yang merangkak naik. Pertanyaannya: kenapa pelaku malah nyasar ke Kazuha?