Perang antarbintang masih berkecamuk antara Bumi dan Kekaisaran Mars. Di tengah reruntuhan kota yang hancur, seorang anak laki-laki bernama Inaho Kaizuka berusaha mengungkap rahasia di balik teknologi Aldnoah yang dikuasai oleh pangeran Mars, Slaine Troyard. Keduanya terikat takdir yang saling bertolak belakang, namun sama-sama memperebutkan seorang putri yang menjadi kunci perdamaian. Siapa yang akan menang saat persahabatan berubah menjadi pengkhianatan?