Lompat ke tahun 2008 dan duel kartu sudah naik motor. Yusei Fudo dan teman-temannya terjebak di Neo Domino City yang kota masa depannya terbelah antara gedung kaca kaya raya dan kawasan kumuh bernama Satellite. Turun dari pedestrian, mereka harus Turbo Duel — duel kartu berkecepatan tinggi di atas motor Duel Runner, satu-satunya cara melawan ancaman kuno Dark Signers. Lawan ini ingin membangunkan Raja Netherworld. Yang bikin rumit, Yusei dan beberapa orang lain punya simbol naga misterius di tubuh mereka yang disebut Signer, semacam penanda takdir spiritual. Semakin dekat mereka ke inti konspirasi, semakin terasa bahwa naga di lengan Yusei bukan sekadar tato biasa. Lalu siapa sebenarnya Dark Signers itu, dan kenapa mereka tahu persis cara memburu para Signer satu per satu?